Al momento de su designación, el funcionario participaba en conversaciones con gobiernos de la región ante la crisis migratoria en la frontera con México, talón de Aquiles para la administración Biden, a juicio de expertos.
Aunque, ocupará el puesto de forma interina, Zúñiga enseguida provocó críticas del sector más conservador de los legisladores de origen cubano de la Florida opuestos a cualquier eventual acercamiento entre Washington y La Habana.
En 2012 fue nombrado por Barack Obama como director de Asuntos del Hemisferio Occidental en el Consejo de Seguridad Nacional, cargo desde el cual participó en las pláticas que condujeron al anuncio del restablecimiento de las relaciones diplomáticas entre Estados Unidos y Cuba en diciembre de 2014.
El funcionario designado por Biden como subsecretario de Estado es el diplomático Brian Nichols, pero todavía sigue pendiente la audiencia de confirmación en el Senado.
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