Las reformas y adiciones a la ley orgánica de ambos cuerpos establecen que el Estado Mayor Conjunto de la Defensa Nacional sea el órgano responsable de la administración y desarrollo de las tropas de las Armas, del servicio de Policía Militar y de los cuerpos de defensas rurales.
Sus respectivas direcciones generales quedarán adscritas a la nueva comandancia para realizar funciones propias de sus especialidades, gestión de requerimientos logísticos y asesoramiento en el ámbito de sus atribuciones.
Actualmente la Secretaría de la Defensa Nacional tiene asignada una dualidad de funciones, por una parte, como dependencia del Ejecutivo Federal a cargo del despacho de los asuntos que le señala la Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, y por otra, como Cuartel General del Ejército y Fuerza Aéreas.
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