La institución fue creada por el General Manuel José Arce el 7 de mayo de 1824 con el nombre de «Legión de La Libertad del Estado del Salvador», fecha que se conmemora anualmente como el Día del Soldado Salvadoreño.
Desde sus inicios el aparato militar estuvo muy involucrado en la actividad política con gobiernos de uniformados encabezando el país.
Por ejemplo, desde 1932 la oligarquía salvadoreña depositó el poder político en el Ejército y el país estuvo regido durante más de 47 años por gobiernos militares, quienes accedieron a él por procesos electorales fraudulentos o por seis golpes de estado (1931, 1944, 1948, 1960, 1972 y 1979).
Durante la Guerra Civil de El Salvador (1979-1992), la FAES llegó a tener hasta 65 mil hombres en uniforme con una ayuda diaria de Estados Unidos de un millón de dólares, según fuentes oficiales, en la lucha contra la guerrilla popular del Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional (FMLN).
Con la llegada al poder del partido Nuevas Ideas, la institución armada comenzó a participar en el enfrentamiento para eliminar la violencia de las pandillas y fue protagonista de siete cercos militares contra focos de estas en municipios del país.
Asimismo es destacada su participación en enfrentar el narcotráfico y en los últimos años ocuparon drogas por valor superior a los 700 millones de dólares.
Junto a la Policía Nacional Civil (PNC), la Fuerza Armada participó en la detención de más de 80 mil pandilleros durante el régimen de excepción aún vigente, obteniendo de esa manera un acumulado de 607 días sin asesinatos y una tasa de homicidios de 1.5 por cada 100 mil habitantes, la más baja en América Latina.
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