Paul Nebel estrenó la pizarra antes del descanso al minuto 39 y ya en la segunda mitad marcaron por los visitantes Dominik Kohr (48) y Nadiem Amiri (77).
Por los derrotados, octavos de la clasificación, Stefan Lainer acercó a su equipo al perforar las redes al minuto 73.
El resultado extendió la racha invicta del Mainz en la Bundesliga contra Monchengladbach a nueve partidos y lo mantuvo en camino hacia su mejor final en el campeonato, la quinta posición de 2012.
Los visitantes quedaron en el tercer puesto a la espera de lo que haga el domingo el Eintracht Fráncfort, que marcha cuarto con 42 puntos.
El Bayern de Múnich continua de líder, con 61 unidades, seguido por el Leverkusen (53), su víctima del pasado miércoles en los octavos de final de la Liga de Campeones de Europa.
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